La isla de la Hispaniola (La Española), actualmente ocupada por las naciones de Haití y la República Dominicana, fue el primer lugar del Nuevo Mundo donde los españoles formaron una colonia. Como tal, sirvió de base logística para la conquista de la mayor parte del Hemisferio Occidental.
Cristóbal Colón descubrió la isla el 5 de diciembre de 1492, en los días finales de su primer viaje a "las indias". Colón y sus compañeros encontraron que la isla estaba habitada por un gran población de amistosos indios Taínos (Arawacos), quienes le dieron la bienvenida a los exploradores.
Colón estableció un asentamiento improvisado en la costa norte, cerca de la ciudad actual de Cap Haïtien, el cual llamó La Navidad (por ser el 25 de diciembre). Usó los restos de la carabela Santa María, que había dado contra un arrecife coralino y zozobrado.
La tierra era fértil, pero de mayor importancia para los españoles fue el descubrimiento del oro que podía conseguirse por trueque con los nativos, quienes se adornaban con joyas, o extrayéndolo de los depósitos aluviales de la isla.
Los taínos llamaban a la isla de diversas maneras pero lo más común era Ayti o Hayti (tierra montañosa). Aunque inicialmente fueron amigables hacia los españoles, estos nativos respondieron violentamente contra la intolerancia y abusos de los recién llegados. Cuando Colón regresó a la Hispaniola en su segundo viaje en 1493, encontró que la Navidad había sido arrasada y eliminados sus habitantes. Pero no era fácil detener el interés del Viejo Mundo en la expansión y su cruzada de esparcir el Catolicismo; Colón estableció un segundo asentamiento, La Isabela, más hacia el Este.
Luego de varios intentos de establecer colonias en la costa norte de la Hispaniola, finalmente se estableció el primer asentamiento permanente en el Nuevo Mundo: Santo Domingo, establecido en la costa sur. Bajo la soberanía española, toda la isla llevó el nombre de Santo Domingo.
Los indicios de la presencia de oro --la sangre vital del naciente sistema mercantilista-- y una población de nativos tratables que podían usarse como obreros se combinaron para atraer a muchos españoles durante los primeros años. La mayoría de ellos era simple aventureros que, por lo menos inicialmente, estaban más interesados en adquirir rápidamente riqueza mas que en asentarse en la tierra. Desde los inicios, las relaciones con los indios, a quienes maltrataban de manera inmisericorde, se deterioraron. Movidos por las incautaciones de alimentos y otras extorsiones, y los abusos hacia sus mujeres, los indios se rebelaron pero fueron dominados definitivamente en 1495.
Santo Domingo se convirtió en el primer puesto de avanzada del Imperio Español. Las expectativas iniciales de reservas de oro abundantes y de fácil acceso demostraron que no tenían fundamento; aún así la isla llegó a ser importante como asiento de la administración colonial, un punto inicial para las conquistas de otras tierras y como laboratorio para el desarrollo de políticas de gobierno de las nuevas posesiones. Fue en Santo Domingo que los españoles introdujero el sistema de repartimiento por el cual los peninsulares (personas nacidas en España y que residían en el Nuevo Mundo) recibían grandes concesiones de tierra y el derecho a usar los indios residentes en ellas en las labores.
Colón, que gobernó la colonia hasta 1499, intentó poner coto a los abusos más serios a los cuales eran sometidos los indios prohibiendo las expediciones contra ellos y regulando los impuestos informales impuestos por los colonizadores, los cuales, por las limitaciones impuestas por estas formas más suaves de explotación, empezaron a oponerse activamente a Colón. Debido a sus demandas, Colón ideó el sistema de repartimiento de distribución de tierra e indios; bajo este sistema, se otorgaba a perpetuidad, sin ninguna obligación para con las autoridades, un gran porción de terreno junto con los servicios de los indios que vivían allí. El sistema de repartimiento no mejoró la situación de los indios, y la corona española lo cambió instituyendo el sistema de encomienda en 1503.
Colón y su hermano Bartolomé cayeron en desgracia ante la mayoría de los colonos, como resultado de celos y avaricias, y luego también ante la corona debido a su incapacidad de mantener el orden. Ya antes de 1500, los terratenientes demostraron su poder conspirando exitosamente contra Colón. Su sucesor, Francisco de Bobadilla, fue nombrado juez principal y comisionado real por la corona española en 1499. Bobadilla puso en prisión a Colón y lo envió a España, pero pronto la Reina Isabel ordenó su liberación. Bobadilla demostró ser un administrador inepto y en 1503 fue sustituido por el más eficiente Nicolás de Ovando, quien asumió los cargos de gobernador y juez supremo. Ovando estableció las bases para el desarrollo de la isla. Durante su mandato, el sistema de repartimiento fue sustituido por el de encomienda. Debido a sus éxitos en iniciar las reformas deseadas por la corona --entre ellas, el sistema de encomienda-- Ovando recibió el título de Fundador del Imperio Español en las Indias.
Bajo el sistema de encomienda, todas las tierras pasaban, en teoría, a ser propiedad de la corona, y así los indios eran considerados como inquilinos en tierras reales. El derecho de la corona a servirse de los inquilinos podía transferirse en fideicomiso a colonos españoles (los encomenderos) por una concesión formal y el pago regular de tributo. Los encomenderos estaban autorizados a ciertos días de trabajo por los indios, convirtiéndose en sus custodios. Así los encomenderos asumían la responsabilidad de cuidar por el bienestar físico de los indios y de instruirlos en el Cristianismo. Una encomienda, teóricamente, no involucraba tenencia de la tierra; en la práctica, sin embargo, la posesión se ganaba por otros medios.
El duro trabajo que se le demandaba a los indios y las privaciones que sufrían demostraron la naturaleza artificial del sistema de encomienda, que efectivamente operaba bajo un sistema de honor debido a la ausencia de esfuerzos por parte de las autoridades españolas.
A la población taína de Santo Domingo le fue muy mal bajo el gobierno colonial. El tamaño exacto de la población indígena de la isla en 1492 nunca ha sido determinada, pero observadores de la época dieron estimados que variaban desde varios miles hasta varios millones. El Padre Bartolomé de Las Casas estimaba 3 millones, lo que ciertamente es una exageración. En todo caso, hubo cientos de miles de indígenas en la isla.
Las labores forzadas, abusos, enfermedades contra las cuales los indios no tenían inmunidad, y el crecimiento de la población mestiza contribuyeron, todos a la eliminación del Taino y de su cultura. Ya para 1548 la población taína se había reducido a aproximadamente 500 personas, y en 1550 solamente 150 indios vivían en la isla. Las consecuencias de ello fueron profundas. La necesidad de nueva fuerza laboral para el cultivo creciente de la caña de azúcar obligó a la importación de esclavos africanos empezando en 1503. Ya para 1520, solamente se usaba la mano de obra de los esclavos africanos.´
